Le Portugal possède 118 ports pour la navigation de plaisance sur le territoire continental et les îles portugaises, la côte continentale s'étend sur 850 km environ. Les 12 900 places d’amarrage au Portugal sont principalement concentrées sur le district de Lisbonne et la région de l’Algarve, la marina la plus importante du pays étant celle de Vilamoura avec 850 places. Au Portugal, le tourisme nautique représente 1,2 % du secteur touristique. Le port de Lisbonne a été le point de départ on d'arrivée de 103 de bateaux de croisière (+43% par rapport à 2019) qui transportaient 88 292 passagers (+21% par rapport à 2019) embarquant ou débarquant dans la capitale. Le port de Lisbonne a été classé meilleur port de croisière d'Europe en 2022 par le World Travel Award. Au total ce sont 22 bateaux de croisière appartenant à 3 opérateurs qui y ont fait 327 escales (+5% par rapport à 2019) en transportant 492 438 passagers. L'année 2022 a aussi été une année record pour les ports de Madeire à savoir Funchal et Santos en termes d'escales (323, soit 8% de plus qu'en 2019). Avec 417 730 passagers la fréquentation restait cependant inférieure de 30% à celle de 2019. Le transport de marchandises est reparti à la hausse après la crise du Covid enregistrant 83,5 millions de tonnes de marchandises transportées (+5%).